SÚKL v souladu se zákonem o léčivech zřizuje a provozuje úložiště pro sběr a zpracování elektronicky předepisovaný léčivých přípravků, tedy Centrální úložiště elektronických receptů (CÚER).
Samotné CÚER a jeho provoz podléhají přísným bezpečnostním pravidlům a je tedy vyloučeno, aby tato data byla jakkoli zneužita či dokonce odcizena. Data jsou chráněna jak proti náhodné ztrátě při mimořádných událostech, tak proti úmyslným útokům. SÚKL také provedl dvě kola bezpečnostních a penetračních testů podle standardů a platných metodik.
Informační systém eRecept je zařazen mezi významné informační systémy veřejné správy a samotný systém i veškerá data jsou chráněna také podle požadavků zákona o kybernetické bezpečnosti za použití moderních bezpečnostních technologií.
K datům o předepsání a výdeji konkrétních léků bude mít přístup pouze pacient, příp. jeho ošetřující lékař, pokud s tím pacient udělí souhlas.